大黄鱼养殖产业迅猛发展，但同时面临着海水养殖病虫害感染加剧、海岸带土地局限性和水环境污染等问题。低盐养殖可降低其病害发生机率，并缓解海岸带环境污染压力。为探索大黄鱼最佳低盐养殖条件，通过缓慢降盐方式开展大黄鱼室内低盐耐受养殖试验，评估低盐对大黄鱼成活率和生长性能的影响，同时运用基于Illumina NovaSeq平台的高通量转录组测序方法研究低盐对大黄鱼生长发育的影响机制。研究发现，低盐处理40天后，与对照组（盐度24）相比，在低盐组（盐度8、6、4和2）中分别鉴定出1369、685、2980和3469个差异表达基因，其中，共同的差异表达基因有164个。根据KEGG通路分析，这些差异表达基因涉及物质代谢（糖类、蛋白质和脂质代谢）、能量代谢、生长发育、免疫应激、信号转导、转录和翻译以及细胞凋亡等方面。在代谢方面，上调的氧化磷酸化通路在盐度6组和盐度4处理组中显著富集，上调的合成代谢相关通路在盐度8组中显著富集，下调的物质代谢和能量代谢相关通路在盐度2组中显著富集。在免疫应激方面，上调的先天性免疫相关通路在盐度6组和盐度4组中显著富集，但CD209抗原（CD209）和C-反应蛋白（crp）的表达量在盐度4组中呈下调表达趋势，表明盐度4诱导的免疫和炎症风险较小。此外，与对照组相比，低盐处理组中的大黄鱼表现出较高的绝对增重率和存活率，并且盐度4组的绝对增重率和存活率最高。基于以上结果得出结论，盐度4是大黄鱼养殖的理想低盐养殖条件。此研究为大黄鱼在低盐条件下的分子响应提供了新见解，同时为大黄鱼低盐养殖提供了重要参考。